La historia comienza cuando Manta Oyamada, un estudiante de secundaria, toma un atajo por el cementerio local y divisa a un joven misterioso que simplemente observa las estrellas. Yoh Asakura, quien le invita a quedarse con él y sus "amigos", pero Manta huye asustado al ver que estos eran fantasmas. Tiempo después Yoh se revela así mismo como un "Shaman" (quienes son el vínculo entre este mundo y el de los espíritus) para demostrarle a Manta que entre ellos ha nacido una amistad.
La misión de Yoh será encontrar un espíritu acompañante y prepararse para el "Torneo de Shamanes" (Shaman Fight), que sucedería en Tokyo. La pelea que se lleva acabo cada 500 años y en la que el ganador se convierte en el Rey Shaman (Shaman King), quien es aquel que puede hacer contacto con los "Grandes Espíritus" (Los que controlan y ven por el destino del mundo).
Finalmente hará su aparición el antagonista de la historia Hao Asakura, quien tiene un destino en común con Yoh y tratará de ganar para cumplir su ambición de exterminar a la humanidad y establecer una utopía de puros Shamanes.
