La historia transcurre 3 años después de los hechos ocurridos en Digimon 1 y en principio el Digimundo está a salvo, hasta que aparece un nuevo enemigo. Como el antiguo grupo de niños elegidos tiene nuevas responsabilidades, ya que son adolescentes, un nuevo grupo es escogido, al cual se unen dos de los miembros anteriores, Tikey y Kari . La misión de los nuevos elegidos es detener a un nuevo villano, llamado así mismo el Emperador de los Digimons, un chico humano que pretende dominar el Digimundo por la fuerza.
